Сергей Маслов (Sergei Maslov), специалист по вычислительной биологии из Брукхейвенской национальной лаборатории, и Тин Яу Пан (Tin Yau Pang), аспирант сопоставили темпы «выживания» элементов двух сложных систем: геномов бактерий и операционных систем компьютеров, работающих под Линукс, сообщает Phys.org.Ученые поставили два вопроса:
- почему некоторые специализированные гены и компьютерные программы встречаются очень часто, а другие редко?
- И каков минимальный набор элементов в системе – элементов, без которых нельзя обойтись?
«Если в геноме бактерии нет определенного гена, она “скончается, не приходя в сознание. Сколько всего таких генов? И то же касается и крупных пакетов программного обеспечения. Они состоят из множества взаимодействующих компонентов, и для работы системе нужен конкретный набор», – рассказывает Маслов.
Ученые воспользовались данными массового секвенирования генома бактерий (база данных KBase, созданная Министерством энергетики США), исследовали частоту использования важнейших элементов генетического кода в метаболических процессах пятисот видов бактерий, и обнаружили удивительные аналогии с частотой установки 200,000 пакетов ОС Линукс на более двух миллионов персональных компьютеров.
Оказалось, что и в биологических, и в компьютерных системах чаще всего используются те компоненты, которые дают самое большое «потомство». То есть, чем чаще используется некоторый компонент, тем более он становится незаменимым для работы системы, и тем больше шансов, что он будет воспроизведен в будущих «версиях».
Вывод вполне логичен, но любопытно, насколько универсальной является эта закономерность.
«Понятно, что частота использования компонента коррелирует с тем, сколько других компонентов от него зависят. Но мы выяснили, что минимум ключевых компонентов (без которых все остальные не работают) можно вычислить с помощью простой формулы, которая применима и в биологических, и в компьютерных системах», – рассказывает Маслов. Это число – квадратный корень от количества взаимозависимых компонентов.
Формула Маслова работает, так как и бактерии, и ОС Линукс – это образцы систем с открытым кодом, компоненты которых «инсталлируются» независимо.
«Бактерии – это настоящие торренты биологии. У них есть огромный общий резерв генов, которыми они свободно делятся друг с другом. Бактериальные системы способны легко вставлять и убирать из своих геномов гены с помощью так называемого горизонтального переноса генов [передача генов между одновременно существующими организмами, а не от родителей] – своего рода файлообменной системы мира микроорганизмов», – говорит Маслов.
То же самое касается и ОС Линукс, в которых можно свободно инсталлировать компоненты, созданные различными разработчиками, независимо друг от друга. К таким ОС, как Windows, где работают только зарегистрированные программы фирмы-разработчика, эти выводы не применимы.
Сергей Маслов (Sergei Maslov), специалист по вычислительной биологии из Брукхейвенской национальной лаборатории, и Тин Яу Пан (Tin Yau Pang), аспирант сопоставили темпы «выживания» элементов двух сложных систем: геномов бактерий и операционных систем компьютеров, работающих под Линукс, сообщает Phys.org.
Ученые поставили два вопроса:
почему некоторые специализированные гены и компьютерные программы встречаются очень часто, а другие редко?
И каков минимальный набор элементов в системе – элементов, без которых нельзя обойтись?
«Если в геноме бактерии нет определенного гена, она “скончается, не приходя в сознание. Сколько всего таких генов? И то же касается и крупных пакетов программного обеспечения. Они состоят из множества взаимодействующих компонентов, и для работы системе нужен конкретный набор», – рассказывает Маслов.
Ученые воспользовались данными массового секвенирования генома бактерий (база данных KBase, созданная Министерством энергетики США), исследовали частоту использования важнейших элементов генетического кода в метаболических процессах пятисот видов бактерий, и обнаружили удивительные аналогии с частотой установки 200,000 пакетов ОС Линукс на более двух миллионов персональных компьютеров.
Оказалось, что и в биологических, и в компьютерных системах чаще всего используются те компоненты, которые дают самое большое «потомство». То есть, чем чаще используется некоторый компонент, тем более он становится незаменимым для работы системы, и тем больше шансов, что он будет воспроизведен в будущих «версиях».
Вывод вполне логичен, но любопытно, насколько универсальной является эта закономерность.
«Понятно, что частота использования компонента коррелирует с тем, сколько других компонентов от него зависят. Но мы выяснили, что минимум ключевых компонентов (без которых все остальные не работают) можно вычислить с помощью простой формулы, которая применима и в биологических, и в компьютерных системах», – рассказывает Маслов. Это число – квадратный корень от количества взаимозависимых компонентов.
Формула Маслова работает, так как и бактерии, и ОС Линукс – это образцы систем с открытым кодом, компоненты которых «инсталлируются» независимо.
«Бактерии – это настоящие торренты биологии. У них есть огромный общий резерв генов, которыми они свободно делятся друг с другом. Бактериальные системы способны легко вставлять и убирать из своих геномов гены с помощью так называемого горизонтального переноса генов [передача генов между одновременно существующими организмами, а не от родителей] – своего рода файлообменной системы мира микроорганизмов», – говорит Маслов.
То же самое касается и ОС Линукс, в которых можно свободно инсталлировать компоненты, созданные различными разработчиками, независимо друг от друга. К таким ОС, как Windows, где работают только зарегистрированные программы фирмы-разработчика, эти выводы не применимы.
2 032
